A fiscalização da prospecção e pesquisa mineral actua em áreas detentoras de título mineiro outorgado, com maior esforço concentrado em direitos minerários em fase de prospecção. As principais acções de fiscalização estão focadas no acompanhamento dos trabalhos de prospecção e pesquisa em desenvolvimento e na análise técnica dos relatórios de pesquisa, além de outros documentos, essenciais, que devem ser apresentados ao órgão regulador. 

Nesse sentido, a análise dos relatórios finais de pesquisa tem um papel fundamental, tendo em vista que a aprovação dos relatórios atesta os trabalhos executados que concorrem para a geração de novas jazidas minerais para o País. 

Outro ramo de actuação da fiscalização na fase de prospecção e pesquisa mineral é específico para recursos hídricos e águas subterrâneas, realizada através do acompanhamento de estudos in loco e de teste de vazão ou bombeamento de água mineral ou potável realizadas por várias entidades.